Virus respiratoires émergents et en évolution : la conception des tests est importante

Les virus grippaux et SARS-CoV-2 posent un défi continu pour la santé publique, attribuable en grande partie à leur rapidité et à leur fréquence d’évolution. Pour aider les cliniciens à limiter la propagation de ces virus, la technologie diagnostique doit tenir compte de l’évolution génétique. Cependant, les tests diffèrent au niveau de leur capacité à détecter de nouveaux variants. Passons en revue les données épidémiologiques récentes et explorons les défis et les solutions en matière de diagnostic.  

Propagation des maladies respiratoires saisonnières

Les données de l’Organisation mondiale de la Santé (OMS) montrent que les cas de COVID-19 ont atteint leur pic lorsque de nouveaux variants sont apparus, en particulier le variant Omicron, provoquant des hausses au début 2022 et au début de 2023. Entre la mi-2023 et 2024, les cas hebdomadaires de COVID-19 ont diminué, mais l’OMS reçoit toujours des signalements de centaines de milliers de cas chaque semaine.¹

Aux États-Unis, le nombre d’hospitalisations liées à la COVID-19 a suivi ces tendances mondiales, selon les données des CDC (Centers for Disease Control and Prevention [Centres de contrôle et de prévention des maladies]). Des pics majeurs sont survenus au début 2021 et au début de 2022. Mais les chiffres ont diminué en 2023 et au début de 2024, grâce aux vaccinations et à d’autres mesures sanitaires.²

Au cours de la saison 2023/2024 en Europe, la grippe était le virus respiratoire le plus courant, suivi du virus respiratoire syncytial (VRS) et de SARS-CoV-2. Les cas de grippe ont atteint leur pic à la fin de 2023, la grippe A (H3) et la grippe A (H1N1)pdm09 étant les principaux types de grippe.³ Cette tendance s’est également produite à l’échelle mondiale, où les sous-types de grippe A ont été le plus détectés.⁴

Aux États-Unis, la saison de la grippe 2023/2024 a été modérée, et la plupart des résultats positifs au test de dépistage de la grippe correspondaient à la grippe A (H3).⁵ L’Australie avait des tendances similaires, avec des niveaux d’activité grippale élevés au début de 2020, au milieu de 2022, au début de 2023 et au début de 2024. La grippe A (H3) et la grippe A (H1N1)pdm09 étaient les plus fréquentes.⁶

Dérive génétique virale et son impact sur les tests

Des études récentes dans le Journal of Clinical Microbiology et le Journal of Pathology, Microbiology and Immunology ont montré que de nouvelles souches de la grippe A avec mutations génétiques matricielles peuvent entraîner des résultats faussement négatifs dans des tests qui reposent sur une seule cible génétique. Par exemple, une étude menée par Landry et Owen (2022) a révélé qu’une souche de la grippe A H1N1 avait échappé à la détection par des tests ciblant uniquement le gène matriciel.⁹ Cela montre la nécessité d’établir plusieurs cibles génétiques dans les tests moléculaires.

Évolution génétique de SARS-CoV-2

SARS-CoV-2 a évolué rapidement, en particulier avec le variant Omicron et ses sous-types, ce qui remet en question la précision du diagnostic. Les données du CDC montrent des changements génétiques significatifs par rapport à la souche d’origine.¹² Cette dérive peut affecter la sensibilité des tests diagnostiques, nécessitant ainsi des mises à jour continues et la validation des tests.

Analyse de la technologie diagnostique

Dans une étude menée par Jorgensen et al.,¹⁰ certains tests disponibles sur le marché ont montré des résultats faussement négatifs en raison de changements dans la séquence du gène matriciel du virus de la grippe A H3N2. L’étude a mis en évidence la possibilité que les nouvelles souches virales circulantes entraînent une baisse du rendement des tests lorsqu’ils ne sont pas conçus pour être à l’épreuve des mutations.¹⁰

Les tests diagnostiques de Cepheid réagissent bien à la dérive génétique virale, car ils utilisent des amorces et des sondes ciblant plusieurs gènes de grippe, y compris les cibles génétiques matricielles des souches de la grippe A humaine et aviaire. Cette redondance cible a permis au test multiplex Cepheid pour le dépistage de la grippe A, la grippe B et le VRS de résister SARS-CoV-2 aux mutations signalées par Jorgensen, ne produisant aucun résultat faux négatif dans l’étude comparative.¹⁰

Cette stratégie de conception de tests à cibles multiples offre une couverture étendue des souches et réduit l’impact des mutations génétiques. Ces attributs sont essentiels à la préparation aux pandémies futures. Une conception de test à cibles multiples peut permettre une détection précise de divers sous-types viraux. Les données récentes des analyses in silico utilisant la base de données des séquences Global Initiative on Sharing All Influenza Data (GSAID) montrent que les tests Cepheid ont maintenu une similarité de plus de 96 % de séquence par rapport à toutes les souches de la grippe A humaine et aviaire testées, couvrant efficacement les dérives génétiques récentes.¹¹

Importance des tests de dépistage rapides

Une étude publiée dans le Journal of Clinical Virology en 2018 par Pedersen et al. a montré les avantages des tests de dépistage rapides de la grippe et du VRS. Les analyses au plus proche des patients pour ces virus peuvent réduire le temps nécessaire pour obtenir des résultats de quelques 5,2 heures avec des analyses de laboratoire à quelques 20 minutes à peine. Cette rapidité d’exécution est cruciale. Sans analyse hors laboratoire, 70 % des patients dont le résultat au test de dépistage du virus était positif ont fini par partager des chambres avec des patients dont le résultat au test de dépistage au virus était négatif, et 27 % des patients dont le résultat au test de dépistage du virus était positif se sont vus administrer inutilement des antibiotiques.⁷ Les tests rapides permettent de s’assurer que les patients reçoivent rapidement le bon traitement, réduisant ainsi la propagation des infections.

Modification du rendement des tests antigéniques SARS-CoV-2 rapides

Des études dans le Journal of Clinical Microbiology ont examiné la sensibilité des tests antigéniques rapides contre les SARS-CoV-2 variants, y compris Omicron et Delta. Ces études ont révélé que, bien que certains tests antigéniques rapides demeurent efficaces, d’autres présentent une sensibilité réduite.¹⁴

Valeur des tests multiplexés

Le VRS, la grippe et SARS-CoV-2 cocirculent et s’accompagnent de nombreux signes et symptômes similaires, ce qui rend les tests multiplex essentiels. Ces tests peuvent détecter plusieurs virus simultanément, ce qui rend possible des diagnostics rapides et définitifs. Ces tests aident également les cliniciens à regrouper les patients hospitalisés de manière appropriée et à prescrire les bons traitements antiviraux.

Surveillance du virus SARS-CoV-2 par Cepheid

La démarche qu’entreprend Cepheid en matière SARS-CoV-2 de tests de dépistage cible plusieurs gènes, y compris les gènes RdRP, E et N2. Cette stratégie assure une forte inclusivité entre les variants viraux, avec des analyses in silico qui prédisent l’absence de résultats faux négatifs pour les variants nouveaux ou circulants.¹³

Conception de tests de qualité où les patients reçoivent des soins

La plateforme GeneXpert® de Cepheid offre des tests par PCR sur demande dans les laboratoires hospitaliers et les milieux proches des patients où le rendement est égal à celui des systèmes de laboratoire basés sur des lots partout où les tests sont effectués. Cela permet un diagnostic rapide et précis des virus respiratoires, y compris la grippe A, la grippe B, le VRS et SARS-CoV-2.^{15, 16, 17}

Il s’agit de tests dont la conception est axée sur plusieurs cibles génétiques et une couverture étendue des souches réduit l’impact de la dérive génétique et augmente la précision. Alors que les virus respiratoires continuent d’évoluer, la qualité de la conception des tests moléculaires sera enclin à continuer à s’affirmer comme moteur de la prise de décisions cliniques et de l’impact sur les patients.