Sorveglianza proattiva per garantire un ampio rilevamento dei ceppi influenzali

Virus: Deriva

I virus cambiano costantemente mediante mutazione. Questi cambiamenti sono causati da due meccanismi principali. La deriva genetica è un cambiamento graduale nel corredo genetico di un virus dovuto a una serie di mutazioni genetiche minori.¹ Nei virus influenzali, la deriva genetica determina piccole variazioni nelle proteine di superficie del virus. D’altra parte, la deriva genetica è un cambiamento improvviso e importante nel corredo genetico di un virus che spesso crea un nuovo ceppo. Crea proteine superficiali sostanzialmente diverse e può dare ai virus influenzali di origine animale la capacità di infettare gli esseri umani, causando potenzialmente epidemie nelle popolazioni umane.¹

Le variazioni nelle sequenze genetiche virali possono influire sulle prestazioni dei test diagnostici molecolari. Se un test fosse progettato per rilevare una particolare sequenza virale e tale sequenza cambia a causa della mutazione, il test potrebbe non riuscire a rilevare il virus. L’influenza, o virus influenzale, è soggetta a tali mutazioni.  

Per evitare impatti sui test dell’influenza basati su PCR, Cepheid progetta ciascun test in modo che rilevi più geni dell’influenza. Questo riduce l’impatto di una mutazione in una data sequenza genetica, in quanto vi sono altre sequenze uniche che consentono il rilevamento (ridondanza del bersaglio). Per l’influenza A, sono inclusi tre geni bersaglio per rilevare ceppi adattati all’uomo e molti ceppi aviari. Inoltre, sono inclusi due geni bersaglio per l’influenza B.

Sorveglianza proattiva delle prestazioni dei test

Cepheid monitora attentamente i dati di sorveglianza dei ceppi per rimanere aggiornata sulla natura in evoluzione dei virus influenzali. Cepheid utilizza l’analisi in silico e i test in vitro per monitorare la copertura del ceppo influenzale dei suoi test diagnostici. L’analisi in silico (esperimenti eseguiti da computer) interroga i database delle sequenze disponibili per predire la capacità di un test di rilevare ceppi influenzali rilevanti valutando in che misura le sequenze del test PCR corrispondono alle sequenze bersaglio virali. L’analisi in silico di Cepheid utilizza tutte le sequenze di influenza disponibili nel database GISAID (Global Initiative on Sharing All Influenza Data, Iniziativa globale per la condivisione di tutti i dati sull’influenza).https://gisaid.org/ A partire da dicembre 2023, si sono resi disponibili e sono stati inclusi nell’analisi oltre 18.000 sottotipi di influenza A umana e più di 7.000 sequenze di influenza B umana.

Vengono inoltre eseguiti test in vitro (esperienze eseguite in una provetta o in una piastra di laboratorio) degli isolati del virus influenzale, utilizzando il pannello annuale di reattività analitica dell’influenza del Food and Drug Administration Center for Biologics Evaluation and Research (FDA CBER). Il pannello FDA CBER contiene virus umani attuali, tra cui i ceppi raccomandati dall’Organizzazione Mondiale della Sanità per il vaccino antinfluenzale annuale.

Per garantire la copertura e le prestazioni continue del ceppo influenzale, Cepheid conduce analisi in silico e in vitro per i suoi test Xpert® Xpress Flu/RSV e Xpert Xpress CoV-2/Flu/RSV plus (collettivamente indicati qui come Xpert Xpress). Questi test diagnostici multiplex in vitro contengono entrambi più bersagli influenzali.

Rilevamento del ceppo dell’influenza aviaria A

Con le crescenti preoccupazioni sull’influenza aviaria, compresi i recenti casi negli umani,² la copertura del ceppo aviario, compreso il ceppo H5N1, è fondamentale per i test diagnostici. A partire da agosto 2023, oltre 5.000 sequenze di sottotipi di influenza A aviaria sono disponibili in GISAID e incluse nell’analisi in silico di Cepheid. Sono stati inclusi ceppi aviari di recente interesse, 2024 H5N1 Guangdong clade 2.3.4.4b, H5N1/A/Cambodia/NPH230032/2023 e H3N8/A/Guangdong/ZS-2023SF005/2023.

Results from the combination of in silico analysis and in vitro testing demonstrate that the Xpert Xpress influenza tests will detect a wide range of current human and avian influenza virus strains, and is predicted to detect the highly pathogenic 2024 H5N1 Guangdong clade 2.3.4.4b that has been reported in outbreaks in dairy cattle and humans in the U.S.^2-4

Preparazione ai focolai epidemici

La capacità di un test diagnostico di rilevare accuratamente diversi ceppi di un virus può consentire il rilevamento precoce e la sorveglianza di ceppi nuovi o emergenti, diagnosi sicure per misure di trattamento e isolamento e potenzialmente informare le strategie di salute pubblica per la preparazione ai focolai epidemici.

La condivisione continua dei dati, compresi i contributi preziosi della comunità scientifica che ha generato e condiviso i dati di sequenziamento dell’influenza tramite l’iniziativa GISAID, insieme alla sorveglianza proattiva continua, posizionerà le iniziative sanitarie pubbliche e globali per rilevare precocemente i ceppi emergenti ed evitare future epidemie.

Contattarci per richiedere il bollettino sugli affari medici/scientifici di Cepheid: inclusività dei test Cepheid per l’influenza —2023 per un rapporto completo dei metodi e dei risultati di questa analisi.

Ulteriori informazioni sui test influenzali di Cepheid sono disponibili qui.